2008年にSuicaとICOCAとの相互利用が開始されたため、新潟・仙台から岡山・広島に至る本州JR3社の各ICカードエリアで利用できるようになっています。
しかしながら、Suica・TOICA・ICOCAの各エリア内で完結した利用に限られています。
各エリア間をまたがって利用することができません。
また、熱海～函南間及び関ヶ原～米原間は、どのICカードのエリアにも含まれないため、この区間を含む乗車の場合は別途乗車券を購入しなければなりません。
今後の改善が期待されています。
また、各IC乗車券のエリア外まで乗り越した場合も面倒です。
まず、入場駅からの運賃を現金で精算して精算証明を受け、後日入場した事業者の窓口で入場記録の取り消しを受ける必要があるからです。
今後の相互利用の予定ですが、2012年度を目途に、名古屋鉄道及び名古屋市交通局が導入する予定のICカード乗車券との相互利用の検討が検討されています。
また、PiTaPa（近畿地方を中心とする私鉄・地下鉄・バス）やPASMO（関東地方の私鉄・地下鉄・バス）との相互利用も検討されているようです。
TOICAの電子マネーサービスを開始と同時に、SuicaおよびICOCAの電子マネーサービスとの相互利用も始まりました。